En 1983, por iniciativa del Prof. Ing. Armando T. Hunziker, un grupo de investigadores ligados a la Universidad Nacional de Córdoba (Facultad de Ciencias Químicas y Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales), casi todos miembros de la Carrera del Investigador Científico del CONICET, propusieron la creación de un Instituto que abrazaría las actividades de orden botánico y fitoquímico que se desarrollaban hasta entonces en forma independiente en diversas cátedras. Además de realizar investigaciones sobre organismos vegetales, se esperaba contribuir a la formación de recursos humanos y a la enseñanza, en especial a nivel de postgrado. Acompañaron en ese entonces al Ingeniero Armando T. Hunziker en esta gestión los Dres. Alfredo Cocucci, Victorio Trippi, Teresa Di Fulvio, Luis Ariza Espinar, Carlos A. Guzmán, Héctor Juliani, Rosa Subils, Juana Kenis, Juan Carlos Oberti, Ana Anton, Gabriel Bernardello y José Luis Cabrera.
El 10 de mayo de 1983, el Rector de la Universidad Nacional de Córdoba y el Presidente del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), firmaron el convenio de constitución y funcionamiento del Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal, IMBIV. El primer Director del nuevo Instituto fue el Ingeniero Hunziker, quien permaneció en ese cargo hasta 1996, año en el que renunció para dedicarse exclusivamente a su tarea de investigación. A partir de 1996, hasta el año 2011 fue designada como directora del Instituto la Dra. Ana M. Anton. Desde septiembre de 2011 la dirección quedó en manos del Dr. Andrea A. Cocucci.
En sus comienzos, el IMBIV contó con unas pocas áreas temáticas, en su mayoría producto de la asociación de algunas cátedras de las Facultades de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales y Ciencias Químicas con el Museo Botánico (Taxonomía, Morfología y Embriología, Fitoquímica y Productos Naturales). Con el tiempo otras áreas fueron gradualmente emergiendo debido a los diversos intereses de los jóvenes investigadores en formación (Biología Reproductiva, Interacciones insecto planta, Citogenética, Micología, Ecología, Entomología). En la actualidad, una multiplicidad de temas se agrupan dentro de tres grandes Áreas: Ecología, Química, y Sistemática, Taxonomía y Florística). Dentro de estas áreas se desarrollan numerosas líneas de investigación que abarcan temas tan diversos como Productos naturales, Polímeros y nanoestructuras, Ecología, Fisiología y Evolución, Cambios en el uso de la tierra y Etnobotánica, Filogeografía, Biodiversidad, Procesos y Servicios Ecosistémicos, entre otros.
Entre 1992 y la actualidad, el IMBIV ha ampliado significativamente su espacio físico en el Campus de la Ciudad Universitaria, y ha incrementado su equipamiento a través de subsidios especiales de CONICET y tres PME. Asociado a esto, y como resultado del crecimiento académico del Instituto, en la actualidad el IMBIV cuenta con una planta de más de 160 personas considerando investigadores, becarios y técnicos.
