Desde su creación, enraizada con la de la Academia Nacional de Ciencias, en 1870, el Museo Botánico cuenta con un Herbario y una Biblioteca especializada.

A partir de 1982, cuando se crea por convenio entre la Universidad Nacional de Córdoba y el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) el Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal (IMBIV), el Museo -que aloja numerosas colecciones de significativa importancia para los proyectos que se desarrollan en el Instituto- pasa a formar parte de éste.